Автор просит рассказать о том, что использует большинство, а не о том, какой протокол или программа хороши, а какие нет 
Бизнес компании и банки используют SET — протокол защищенных электронных транзакций. Но, думаю, что обычный пользователь никогда не будет этим пользоваться 
SSL (Secure Sockets Layer). Использует алгоритм RC4(блочное шифрование)
Для приватных почтовых сообщений можно использовать PGPmail. Достаточно лишь отослать сгенерированный ключь человеку, с которым вы будете вести переписку или передать каким-нибудь другим способом.
Локальная безопасность данных..Выбор велик. Программ очень много, но самые популярные, по-моему - PGPdisk и BestCrypt. Обе имеют функцию mount-dismount диска по горячим клавишам.
SSH (Secure Shell) - для шифровки использует RSA алгоритм. Ну и вроде как жесткая проверка и достоверность, исключение большинства различных ненадежных сетевых мест (IP, routing, and DNS spoofing)
И вообще
Для особой приватности, передавай информацию на компакт-дисках, из рук в руки 